Oi Rogério,
talvez a ordem faça diferença em algum programa. No Hugin creio que não faz muito não e se estiver fazendo você pode mudar o modo de detecção de pontos de controle pra que ele procure entre cada foto e todas as outras. Se o padrão for considerar as fotos adjacentes (e existe esse modo) então a ordem fará diferença.
Fotografar o zenith/nadir antes ou depois não fará diferença em nenhum modo, desde que ela tenha sobreposição com uma foto adjacente.
Pro nadir o melhor meio acho que é escolher um ponto sobre uma superfície facilmente clonável. Nesses casos eu faço uma pequena pós edição na face do cubo do nadir. A foto nadir não precisa ser nem na mesma altura nem no mesmo ponto,
veja esse post. Dá pra costurar esse nadir deslocado junto com as outras, mas teria que fazer uma otimização manual no Hugin, fazendo translação apenas nessa foto.
O PTGui tem uma função mais amigável pra isso. Nunca usei, mas
esse tutorial explica. Talvez em versões mais novas do PTGui esteja ainda mais simples, não sei, só leio as pessoas mencionando isso.
No início cheguei a tentar fazer fotos como você está pensando e a nodal ninja inclusive vende um "adaptador para nadir" que faz isso que você ilustrou com o desenho, mas sinceramente acho desnecessário.
Veja ainda esse post sobre o philopod. Com ele tem sobrado se muito um ponto no nadir correspondente ao chumbinho que usei com a linha de pesca. 100m de linha mais o chumbinho não me custaram nem 5 reais. Tenho que fazer umas fotos disso
Abs, Cartola.