Oi Ramon,
tomei a liberdade de mover sua mensagem para o tópico "Publicação e impressão", pois considero que o krpano já está nessa etapa, uma vez que ele usa uma imagem já montada, então a montagem já acabou

.
Dei uma pesquisada e achei algumas menções ao seu problema nos fóruns do
krpano e da
kolor. Por acaso as respostas foram as mesmas, embora as pessoas que tenham pergutado tenham sido diferentes.
Como a proposta aqui é um fórum em português, vou tentar traduzir as questões. Primeiro o Klaus (autor do krpano) perguntou algumas coisas:
Que versões do krpano e krpanotools você usa?
Que tipo de panorama você usou? Esférico ou cúbico?
Podem haver algumas razões para essas ondulações:
1. um panorama esférico com configurações de detalhes muito baixos. Dê uma olhada em todas as configurações de detalhes em todos os arquivos xml, isso pode também ser definido numa seção <level>
2. um panorama cúbico sem flash 10 (krpano 1.0.7 ou mais antigo) e configurações de detalhes muito baixos
3. um panorama cúbico com flash 10, configurações de detalhes muito baixos e efeito de olho de peixe habilitado
As versões de flash hoje já são maiores que 10, as mensagens eram de 2009, mas algumas sugestões ainda fazem sentido.
O flash precisa das imagens partidas em pequenas imagens para mostrar adequadamente o panorama. Quando mais partes mais acurada a apresentação do panorama, o que é controlado com as configurações de detalhamento.
Ele comenta que com flash 10 (e talvez superiores portanto) e krpano 1.0.8 (e talvez superiores) e panoramas cúbicos não seria necessário partir as imagens, e nesse caso o panorama deveria estar perfeitamente apresentado.
Como sugestão para criar um panorama sem tais distorções o Klaus sugeriu baixar a última versão do krpanotools:
http://krpano.com/download/
e converter primeiro o panorama para um cubo com a ferramenta "Convert CUBE to SPHERE droplet" e depois converter as seis faces do cubo resultantes com o "MAKE PANO (MULTIRES) droplet" e dessa maneira não devem haver mais as ondulações.
O krpano e as ferramentas (krpanotools) estão hoje na versão 1.0.8.15, de agosto de 2012. Eu uso ainda a versão 1.0.8.14 e nunca tive esse tipo de problema. A única coisa que faço em geral é usar a conversão para multi-resolução. Notei que seu panorama está carregando num único swf, então o problema pode estar associado a você estar carregando uma imagem de muito alta resolução sem partí-la em pequenas partes, o que só os conversores com nome "multires" farão.
As sugestões de ferramentas que dei são para windows, pois não sei em que sistema você está trabalhando, como também não sei se está usando um publicador que automatiza tudo isso, como um Panotour Pro ou um PTGui, então se for o caso talvez seja melhor trabalhar direto com o krpano para tentar resolver o problema.
Ainda sobre um comentário seu lá no blog, onde menciona que chegou a tentar usar meu código e não resolveu, veja que se estiver relacionado ao que postei aqui não bastaria copiar meu xml, teria que converter adequadamente sua equirretangular.
E se algo disso aí resolver seria legal compartilhar conosco qual foi a solução.
Um abraço, Cartola.